Königheim wurde erstmals im Jahre 1099 im Zusammenhang mit dem Kloster Amorbach erwähnt. Im Laufe seiner mehr als 900 – jährigen Geschichte musste Königheim schwerste Zeiten überstehen. Anfang des 17. Jahrhunderts wurden große Teile des Ortes durch Brände in Schutt und Asche gelegt. Im laufe des 30-jährigen Krieges steckten kroatische Soldaten den Ort in Brand, woraufhin die Pest ausbrach. 400 Menschen verloren dabei ihr Leben. Immer wieder wurde der Ort von verheerenden Überschwemmungen heimgesucht. Zuletzt am Fronleichnamstag 1984, als das Hochwasser Schäden von ca. 40 Millionen DM hinterließ. 30 Scheunen, 18 Wohnhäuser, 55 Stück Großvieh sowie 700 Schweine wurden Opfer der Wassermassen. Die Dorfsanierung geht bis in die heutige Zeit hinein. Drei Gotteshäuser vielen der Zerstörung zum Opfer. Das vierte, welches heute als das historisch wertvollste Gebäude der Gemeinde bezeichnet wird, wurde Mitte des 18. Jahrhunderts im Barockstil wieder aufgebaut.

Mitte des 18. Jahrhunderts entwickelte sich Königheim zu einer sehr erfolgreichen Weinbau Gemeinde und zählt mit ca. 100 ha Rebfläche zur zweitgrößten Winzergemeinde in Tauberfranken.

Heute ist Königheim mit seinem Körperschaftswald und den unberührten Naturschutzgebieten ein einmaliger „Wein- und Erholungsort“.