Erstmals urkundlich erwähnt, wird Krautheim, gemeint ist das heutige Altkrautheim, im Jahre 1096. Damals noch unter dem Namen Crutheim. Die Gründung der Stadt geht vermutlich auf die Franken zurück.
Anfang des 13 Jhr., 1213 wird die Burg Krautheim (im heutigen Hauptort Krautheim) von Wolfgang von Krautheim auf dem Bergsporn errichtet. Später in den Jahren 1240-1242 wurden dort vermutlich die staufischen Reichskleinodien (Reichskrone, Zepter und Reichsschwert) verwahrt.
1306 erhält Krautheim zusammen mit Ballenberg die Stadtrechte und wird einige Jahre später 1329, erstmals als Städt erwähnt. Ab 1399 steht die Stadt Krautheim unter Mainzer Vorherrschaft.

1806 wird das Amt Krautheim durch die Rheinbundakte entlang der Jagst in einen nördlichen badischen und in einen südlichen württembergischen Teil aufgeteilt: Krautheim ist fortan badisch und Altkrautheim württembergisch.

Für Touristen interessant dürften sicherlich das Museum des Johanniter-Ordens, welches sich gleich neben dem Rathaus befindet, und das Museum der Burg Krautheim sein.