Im 13. Jahrhundert waren in dem 1224 als Nunkirchen genannt Neunkirchen die Herren von Hohenlohe, der Bischof von Würzburg, die Sützel, Lesch und Mertin von Mergentheim begütert.

Ortsadel wird 1281 genannt 1300 erwarb das Hochstift Würzburg von Adelheid von Hohenlohe-Brauneck mit der Herrschaft Neuhaus die Lehensherrlichkeit über Neunkirchen, die es durch 500 Jahre behauptete.

Als seine Lehensträger verkauften die Sützel von Mergentheim 1550 die Hälfte des Ortes an den würzburger Amtmann zu Bütthard Sebastian Geyer von Giebelstadt und 1558 die andere Hälfte an Götz von Berlichingen.

1591 überließen die Berlichingen ihren Anteil den Geyer. Nach deren Aussterben beanspruchte zunächst (1708) Preußen aufgrund eines Erbvertrags Neunkirchen, während Würzburg seine Rechte auf den Ort als heimgefallenes Lehen geltend machte. In einem Vergleich teilten sich beide Herrschaften 1721 in den Besitz des Dorfes und Kirchenpatronats. Die preußische Hälfte kam 1729 an Ansbach und 1797 nach einer 2. preußischen Periode (1792-97) an Prinz Karl Joseph von Hohenlohe-Oehringen. Der würzburger Besitz fiel 1803 an Hohenlohe-Bartenstein.

1972 wurde Neunkirchen nach Bad Mergentheim eingemeindet.

Die Frauenklause Neunkirchen wird 1256 erstmals genannt. Die hatte beträchlichten Grundbesitz, der bei der Aufhebung 1479 an das Kloster Heidingsfeld bei Würzburg und 1534 an das Spital zu Mergentheim kam.